¿podrías poner el mensaje concreto de error que te muestra? Sería bastante útil para detectar el problema.
Para añadir un subdominio:
1) Ir a Cpanel
2) Pinchad en "Subdominios"
3) Introducir el nombre del subdominio en el campo subdominio
4) Introducir el nombre de la carpeta a la se se redireccionará el subdominio en el campo "Documento principal".
5) Pulsar el botón crear.
Posiblemente el error que tengas, es que el subdominio no fue borrado desde cpanel y haya quedado algun archivo .htaccess con la configuración. O bien si lo borraste desde cpanel, que haya quedado alguna configuración residual.
Como te digo, si me proporcionas algún mensaje más descriptivo podré ayudarte mejor.
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