No se si quizas sea con el problema relacionado de la ficha de cpanel y quede algun registro más por vincular. En cpanel, en la opcion mysql bases de datos, es donde se crean:
1 - Las bases de datos
2 - Los usuarios de bases de datos
3 - Se asocian bases de datos con usuarios
En phpmyadmin, se puede crear unicamente tablas, para una base de datos dada, luego me resulta extraño que digas que puedes crear bases de datos alli (quizas lo estas confundiendo con tabla).
Para borrar bases de datos, igualmente se hace desde el icono de bases de datos de mysql de Cpanel.
No se si te contesto con esto a tu duda/pregunta, sino es así intenta explicandomelo de otro modo a ver si te capto que estas tratando de realizar para poder ayudarte.