Si, es posible resetear la cuenta y partir desde cero, pero esto debe hacerse manualmente y requiere intervención técnica, por lo que es un servicio que tiene asociado un gasto para el cliente.
Pero como le comentamos, no es algo que necesite. Incluso si borra todos los archivos de su cuenta y sólo deja la carpeta public_html vacía, podrá subir igualmente los archivos y su web funcionará sin problemas.
Los archivos creados inicialmente son simplemente un archivo index.php de bienvenida que listan los ficheros actuales en la carpeta, por lo que borrarlos o dejarlos no afecta a su servicio para requerir que se resetee su cuenta.
