Depende de sus necesidades. IMAP el correo se almacena en el servidor y POP en su ordenador. POP es más utilizado si tiene poco volumen, con IMAP si pierde los correos de su pc, siempre los tiene en el servidor.

En este artículo puede ver con mas detalles algunas ventajas y desventajas de cada uno para decidir:
http://www.duplika.com/blog/metodos-de-acceso-al-email-pop3-vs-imap