El safe_mode es una directiva de PHP habilitada casi por defecto en servidores compartidos. Previene basicamente de que si un usuario en un servidor es hackeado y el el atacante sube algun archivo malicioso, dicho atacante no posea permisos de ejecución sobre otros directorios diferentes del usuario víctima. Es decir, si se consigue vulnerar a un usuario del alojamiento compartido, que no sean vulnerables decenas o cientos de usuarios más de ese alojamiento compartido.

Por este motivo, la mayoría de proveedores optan por activarlo por defecto para evitar cualquier riesgo innecesario a otros clientes.

En teoría safe_mode este modo esta "deprecated" (obsoleto) en PHP 5.3, pero por el momento, salvo utilizar otra directiva open_base_dir y blockear el acceso a determinados binarios no se ha ofrecido ninguna solucion mejor, salvo que Wordpress, Drupal, Moodle, Joomla, etc no utilicen directivas que requieran safe_mode.