La función set_time_limit() establece el tiempo que puede estar en ejecución un script PHP. En Quijost esta establecida a 30 seg, lo que sería un tiempo bastante considerable si una web tuviera que ejecutarlo.
Joomla hace uso de esta directiva para asegurarse de tener un mayor tiempo de ejecución, pero con el modo seguro de PHP, esta limitado y al tratarse de una directiva global, un usuario no puede cambiarla. Piense que en un servidor compartido, cualquier usuario podría tener un script que se ejecutara indefinidamente, perjudicando al resto de usuarios del servidor.
Si únicamente quiere que no aparezca dicho warning(aviso) que no error, puede utilizar el operador de silenciamiento de errores de PHP, es decir, poner una @ delante de esa función.
Luego sólo necesita ir al archivo folder.php línea 548 y poner una @ delante de esa función. También puede quitar dicha función sin problemas, ya que por defecto Joomla tomara el tiempo de 30 seg establecido en el servidor.