Para cargar Mootools en tu dominio simplemente necesitas:
<script src="/ruta_al_archivo/mootools-core-1.4.5-full-compat-yc.js"></script>
Para obtener los segundos que han transcurrido del día, time() con mktime() y date() te vale perfectamente, por ejemplo:
<?php
$current_time = time();
$current_year = date('Y', $current_time);
$current_day = date('d', $current_time);
$current_month = date('n', $current_time);
$day_reset = mktime(0, 0, 0, $current_month, $current_day, $current_year);
$day_seconds = $current_time - $day_reset;
echo $day_seconds;
Si además quieres asegurarte la franja horaria de España, deberías utilizar:
<?php
date_default_timezone_set('Europe/Madrid');
$current_time = time();
$current_year = date('Y', $current_time);
$current_day = date('d', $current_time);
$current_month = date('n', $current_time);
$day_reset = mktime(0, 0, 0, $current_month, $current_day, $current_year);
$day_seconds = $current_time - $day_reset;
echo $day_seconds;
También te recomiendo no escribir los ; en javascript, a menos que sea estrictamente necesario o que quieras escribir más caracteres.